Verluste durch Aus- und Verlagerungen hat das Museum nicht erlitten. Während der Sicherung des Pergamonmuseums durch die Rote Armee ist es zu Einbrüchen und Plünderungen gekommen. 1946 begann ein Archäologe der Trophäenkommission die Sammlungen zu sichten und für den Transport in die SU vorzubereiten.