Der gesamte Hauptbestand der Bibliothek kam 1943/1944 in das Schloß des Grafen Stolberg nach Wernigerode. Vor dort wurden alle 150.000-200.000 Bücher auf Veranlasssung der Sowjetischen Militäradministration 1946 über Berlin nach Leningrad verbracht. Ebenso Teile, die im Schacht IV in Staßfurt und in anderen Auslagerungsorten gefunden wurden. 1946/1950 wurden sie mit vielen anderen Bibliotheken auf wissenschaftliche Einrichtungen der Sowjetunion verteilt, so nach Moskau, Tomsk und auch nach Tiflis.